脉冲布袋除尘器可采用在线或离线清灰方法，在线清灰是指在进行脉冲喷吹时，布袋仍然进行烟气过滤。喷吹系统需要用比较高的喷吹气流阻挡过滤烟气，同时用脉冲震荡使尘饼落入灰斗。在线清灰除尘器内是一个大的空间静态气室，气流分布比较均匀，使滤料所承受的过滤负荷变化不太大，这样可增加其使用寿命。
离线清灰系统需要把脉冲布袋除尘器内区分成若干个密封气室，每个气室的花板上出气口安装挡板，气缸和电磁脉冲阀等压缩气控制系统。在对某个气室进行脉冲清灰喷吹前，需要先控制挡板使这个气室不进行烟气过滤。因此，离线清灰构造比较复杂，而且带有移动式机械挡板。
所以离线清灰除尘器的造价与维护量相对来说比在线清灰除尘器高。通常，除尘清灰系统设计师应该根据烟气性质和工艺要求，灵活选择在线或离线的清灰系统设计。在一些工艺比如垃圾焚烧等，其烟尘性质松散，不容易结成饼块，清灰也比较困难。采用离线清灰方法可减低二次扬尘，使清灰阶段，起到降低设备阻力的效果。
但另一方面，离线清灰除尘器完成一个气室的清灰后，此气室的布袋除尘器阻力将比其他正在过滤的气室除尘器布袋阻力低，这时候打开挡板，气室内滤料将承受很高的过滤负荷，导致滤料的负荷变化循环太高，这样也会缩短滤料使用寿命。而在线清灰每次只减少一行除尘器布袋的阻力，除尘器内的其他众多数量的除尘器布袋仍然会连续进行过滤工作，这样对刚喷吹后的除尘器布袋所承受的过滤负荷变化就相对来说比较温和。
